Οι πρωτεΐνες που εισέρχονται ή παράγονται στο ΕΔ ενδέχεται να υποστούν τροποποιήσεις προτού αποδοθούν στον αυλό ή τη μεμβράνη του ΕΔ. Η μεταφορά των πρωτεϊνών από το ΕΔ σε άλλα διαμερίσματα του κυττάρου γίνεται μέσω της εκβλάστησης και σύντηξης των κυστιδίων μεταφοράς. Προορισμός των πρωτεϊνών αλλά και των άλλων συστατικών που συντίθενται στο ΕΔ είναι συνήθως η συσκευή golgi, οργανίδια του κυττάρου (συμπεριλαμβάνεται σε αυτά και το ίδιο το ενδοπλασματικό δίκτυο), η κυτταρική μεμβράνη αλλά και σημεία του οργανισμού εκτός κυττάρου.
Το ΕΔ αποτελεί θέση αποθήκευσης ιόντων ασβεστίου και θέση αποδόμησης των πρωτεϊνικών υπομονάδων που δεν έχουν αποκτήσει σωστή διαμόρφωση. Αξίζει να σημειωθεί πως μόνο τα ώριμα ερυθροκύτταρα από τα θηλαστικά δεν έχουν ενδοπλασματικό δίκτυο.